英格兰海军正被派往亚速尔群岛捕获一年一度的西班牙珍宝船队，面对大批西班牙无敌舰队突然进攻，托马斯·霍华德慌忙下令逃向北方，以土保存实力。深孚众望的骁将格伦维尔战死和身经百战的‘复仇’号沉没，在英格兰国内引起轩然大波。
弗洛雷斯海战以英格兰人战败告终，西班牙人并未攻上英格兰本土。这次战斗标志着西班牙海上力量的复兴。并证明英国捕获和击败西班牙珍宝船队的机会已经遥遥无期。
菲利普二世发动对英格兰的第二次无敌舰队远征作战取得胜利之时，来自派驻东方马尼拉、马六甲、果阿总督的紧急军事报告引起菲利普二世的高度重视。
葡萄牙人在东方的澳门、长崎殖民地被一个叫陈瀚的明国将领攻占了，菲律宾总督达斯麻雷那斯（戈麦斯·佩雷斯·达斯马里尼亚斯）和马六甲总督卡拉斯古汇报陈瀚正在东方马六甲以东海域大肆扩张，菲律宾、马六甲都将有被攻占的危险。
卡拉斯古将与陈瀚派驻南洋的将领陈阿靖签署的《海市协定》送至马德里，菲利普二世得知遥远的东方富庶的明国正出现一位堪比英格兰海盗德雷克、霍金斯和雷利的强大海盗，并为明国效力，攻取东方海外殖民地。
菲利普二世不允许英格兰人染指其海外殖民地利益，自然也不会允许陈瀚染指威胁其东方的海外殖民地利益。菲利普二世对明朝的了解停留在马尼拉殖民当局上报的《论征服明国备忘录》中。
菲利普二世统治下的西班牙王国在军事方面开支巨大，不得不多次增税。以至菲利普二世在1557年、1575年两次宣布国家破产。
西班牙王国统治下的北方省中的七省（荷兰、比利时和卢森堡的区域）于1579年成立了乌得勒支联盟，共同反对西班牙统治。
1581年7月26日，来自荷兰各起义城市的代表在海牙郑重宣布：废除西班牙国王对荷兰各省的统治权，联盟正式宣布独立，成立荷兰共和国。菲利普二世对北方七省实行封锁武力镇压政策，但并没有奏效。
1588年，西班牙无敌舰队对英国的第二次远征遭受巨大的挫折之后，西班牙大伤元气。北方七个省份趁机联合起来，宣布成立荷兰联省共和国。
西班牙王国的统治在菲利普二世手中已经出现危机四伏，债台高筑。西班牙在海上的霸权地位开始趋于衰落，海上优势从此不复存在，西班牙军队不可战胜的神话破产。
菲利普二世对宗教很热情，法国发生宗教战争之后，菲利普二世马上倒向天主教神圣联盟一边，该联盟由吉斯家族领导，致力于消灭法国的胡格诺派教徒。
1591年法国形势最混乱之时，西班牙军队开进巴黎。菲利普二世希望其女儿与第四代吉斯公爵吉斯公爵--查理·德·洛林结婚，并让后者继承法国王位，但最终未能成功。
刚击败英格兰人，又插手法国王位继承权没能如愿的菲利普二世将目光放到了东方，雄心勃勃的菲利普二世决定出兵征服明朝，认为明朝属于软柿子，并根据马德里征服明朝详细计划做出作战部署。
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